Ростовский центр судебных экспертиз сотрудничает с правоохранительными органами, органами предварительного следствия, судами общей юрисдикции, арбитражными, третейскими и иными судами, а также выполняет экспертные исследования для физических и юридических лиц по ряду направлений. 

Среди заказчиков РЦСЭ:  

1. Следственное Управление Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации по Ростовской области.
2. Следственные отделы ЮФО и СКФО.
3. Главное управление МВД России по Южному федеральному округу.
4. Управление Федеральной налоговой службы по Ростовской области.
5. Суды общей юрисдикции (федеральные, городские и мировые суды г. Ростова-на-Дону и Ростовской области).
6. Военная прокуратура Северо-Кавказского военного округа.
7. Прокуратура Ростовской области.
8. Управление ФСКН России по Ростовской области.
9. Главное Следственное Управление при ГУВД Ростовской области.
10. Арбитражные суды ЮФО, СКФО.
11. 15 Арбитражный апелляционный суд.
12. 12 Арбитражный апелляционный суд.
13. Третейские суды.
14. Управление ФСБ Российской Федерации.
15. РОСАЛКОГОЛЬРЕГУЛИРОВАНИЕ. Межрегиональное управление по Южному федеральному округу.
16. Северо-Кавказское региональное командование Внутренних войск МВД России.
17. Управление по борьбе с экономическими преступлениями ГУВД по РО.
18. Адвокатские конторы.
19. Юристы.
20. Страховые компании.
21. Товарищества собственников жилья.
22. Жилищно-коммунальные хозяйства.
23. Строительные компании.
24. Управляющие компании.
25. Агентства недвижимости.
26. Заводы и предприятия.
27. Банки.
28. Автосалоны.
29. Дирекции муниципального имущества и благоустройства.
30. Районные архитекторы.
31. Дирекция по муниципальному фонду.
32. Жилищно-строительные кооперативы. 
33. Частные заявители.